Patogenees uurib haiguse arengut ja sellega seotud sündmusteahelat, mis samm-sammult määravad mõjutatud organitesse kuuluvate rakkude ja kudede morfo-funktsionaalsed muutused. Neid muutusi võivad põhjustada keemilised, füüsikalised või bioloogilised ained (viirused, bakterid jne).
Kuigi etioloogia määratleb põhjused, uurib patogenees tagajärgi.
Seetõttu võime meditsiinitekste lugedes kohata selliseid termineid nagu: mikroobide patogenees, põletikuline patogenees, viiruse patogenees, pahaloomuline patogenees (haiguse, tavaliselt kasvaja, kalduvus süveneda järk -järgult, kuni see võib potentsiaalselt surmavaks muutuda). Paljud haigused tunnevad ära erinevaid põhjuslikke tegureid (multifaktoriaalne etioloogia) ja veelgi enam on neid, mida iseloomustavad erinevad evolutsioonimehhanismid (mitmekordne patogenees).
