Väljaheite pH on tavaliselt neutraalne või kergelt aluseline (6,8–7,5). Happelisem väljaheide, füsioloogiline ainult vastsündinul, võib viidata sooleinfektsioonidele (Escherichia coli, rotaviirus) või seedehäiretele, näiteks laktoosi- või rasvade talumatusele (pankrease puudulikkusest või sapiteede staasist tingitud steatorröa).
Väljaheite pH -d mõjutavad uuritava toitumisharjumused; näiteks liigse liha- ja piimatoodeterohke dieet muudab väljaheite aluselisemaks. Putrefaktiivne soolestiku bakteriaalne taimestik lammutab tegelikult imendumisest pääsenud aminohapped, tekitades mürgiseid ja ebameeldiva lõhnaga amiine; järelikult kipub fekaalide pH suurenema ammoniaagi tootmise suurenemise tõttu. Seetõttu pole juhus, et liiga leeliseline väljaheite pH, millega kaasneb lühikese ahelaga rasvhapete vähenemine (vt butüraat), on seotud kolorektaalse vähi suurenenud riskiga.
Kui väljaheidete pH kipub putrefaktiivse düsbioosi korral tõusma, kipub see vähenema fermentatiivse düsbioosi korral, mille põhjused on süsivesikute liigne allaneelamine või selle halb imendumine ( tsöliaakia). Isegi "rikkaliku lipiidide tarbimise korral", taimetoidul ja pikaajalise tühja kõhuga muutub väljaheite pH happeliseks.
Katsetulemuste moonutamise vältimiseks ei tohi väljaheide olla uriiniga saastunud ja see tuleb kiiresti jahutada, et vältida ammoniaagi ja mädanenud bakterite väljaheidete pH muutumist leeliseliseks.